Mission Øst var blandt de første til at hjælpe tusindvis af fordrevne fra den konfliktramte storby Kunduz i Afghanistan. FN og lokalprovinsen bad hjælpeorganisationen om at være med til at lede tre flygtningelejre med ca. 20.000 personer, hvor mange også modtog tæpper, liggeunderlag og hygiejneartikler.December 2016
Kunduz i Afghanistan er gået over i historien som byen, hvor et hospital fejlagtigt blev bombet og hvor kampe mellem oprørsgrupper og regeringssoldater er bølget frem og tilbage.
Da kampene igen blussede op i september blev tusindvis af familier fordrevet til flygtningelejre i Takhar-provinsen, hvor myndighederne sammen med FN bad Mission Øst om at lede tre lejre udenfor provinshovedstaden Taloqan sammen med hjælpeorganisationen Concern Worldwide.  
Det skete da mindst 3.000 familier blev tvunget til at flygte fra byen Kunduz og de omkringliggende landsbyer til Taloqan, Rustaq og andre distrikter i Takhar-provinsen, hvor de blev tjekket og registreret som internt fordrevne.
Provinsregeringen husede oprindelig de fordrevne fra Kunduz i tre skolebygninger og 219 telte. Det bevirkede dog, at over 9.000 børn ikke kunne komme i skole. Derfor blev det hurtigt besluttet at overføre de 3245 internt fordrevne familier til 674 telte og 84 bygninger i de nyoprettede lejre.
FN gav sammen med myndighederne i Takhar-provinsen Mission Øst ansvaret for at lede de i alt 19.180 fordrevne i de tre lejre sammen med hjælpeorganisationen Concern Worldwide. De holder området rent og ryddeligt og tildeler plads til internt fordrevne familier.
Indtil nu har Mission Øst uddelt 50 telte, 200 meter gulvtæppe, 500 tæpper, 400 hygiejnesæt, samt værktøj og plastfolie til inddækning mod vinterkulden. Mission Øst og Concern Wordwide har også koordineret indsatsen fra FN og andre hjælpeorganisationer i de tre lejre.  Derudover har Mission Øst givet vinterhjælp i form af tæpper, plastunderlag, børnetøj og brændstof til fordrevne familier, som fortsat opholder sig i lejrene eller hos værtsfamilier i Taloqan by.
Provinsregeringen i Takhar har åbent udtrykt anerkendelse af Mission Østs rettidige og effektive respons på den krise, der pludselig opstod med konflikten i Kunduz og sendte de mange tusinde mennesker på flugt.
Mission Øst var en af ​​de første internationale ngo’er til at respondere på krisen, da hjælpeorganisationen uddelte 50 tæpper, 50 plastikunderlag og seks mobile toiletter til de fordrevne kvinder, som blev indlogeret i de omtalte skolebygninger i Taloqan i oktober.
Hele indsatsen er finansieret af midler fra Udenrigsministeriet, som støtter Mission Østs arbejde under en humanitær partnerskabsaftale.